La construcción de la primera ermita fue de adobe, obra que se inició en 1835 y se concluyó dos años después. En 1841 los vecinos del barrio elevan solicitud al Jefe de Estado de esa época, don Braulio Carrillo Colina, para que se le nombre un sacerdote. Tal petición se concedió en febrero de 1845, cuando se erigió la parroquia bajo la advocación del Santo Cristo de Esquipulas, nombrándose como sacerdote a don José Antonio Morales. La edificación del actual templo se consagró el 1° de enero de 1906 durante el episcopado de monseñor Juan Gaspar Stork Werth, tercer obispo de Costa Rica. En este momento es sufragánea de la Arquidiócesis de San José de la provincia eclesiástica de Costa Rica. La iglesia del Santo Cristo de Esquipulas, el 15 de enero de 1907 fue declarada Santuario Nacional por el Papa Pío X.